Баткенская область долгое время сталкивалась с рядом системных проблем, которые замедляли ее экономическое развитие. Исторически регион страдал от слабой транспортной связанности внутри Кыргызстана, а также от напряженности, связанной со спорными территориями с Узбекистаном и Таджикистаном. Эти факторы, наряду с социальными трудностями, тормозили развитие на протяжении многих десятилетий.
В результате сложившейся ситуации, в западной части страны были закрыты заводы и фабрики, а шахты и рудники пришли в упадок. Это привело к оттоку значительной части населения, которое вынуждено было искать заработок за границей из-за отсутствия других рабочих мест.
